Участник Великой Отечественной войны с первых дней. С боями отступал на восток, был дважды ранен – в мае 1942 года и в марте 1943 года. Осенью 1943 года сражался в составе отдельной моторазведывательной роты 56-й армии. За отличие в боях при прорыве «Голубой линии», освобождении станиц Натухаевская и Джигинка награждён орденом Красной Звезды.

18 июля 1944 года при прорыве обороны противника северо-западнее села Смидынь (Старовыжевский район Волынской области, Украина) сержант Емельянов ворвался в траншею, забросал гранатами ручной пулемёт и истребил около 20 гитлеровцев. 21 июля 1944 года при форсировании реки Западный Буг в числе первых преодолел реку, забросал гранатами вражескую миномётную батарею и подавил 2 пулемёта. В ходе преследования отступающего противника на территории Польши вместе с товарищами захватил и удерживал мост. Бойцы под его командованием уничтожили 15 гитлеровцев и 5 взяли в плен. Награждён орденом Славы 2-й степени.

При штурме населеного пункта Гербердорф (Грыфино, Польша) сержант Емельянов с отделением отразил контратаку противника, удержал занимаемый рубеж, при этом лично уничтожил 5 гитлеровцев, а 4 взял в плен. За этот бой был представлен к награждению орденом Славы 1-й степени.

В середине апреля 1945 года дивизия с плацдарма на Одере участвовала в боях по прорыву оборонительной полосы под Берлином и штурме самой немецкой столицы. В этих боях сержант П. И. Емельянов был ранен. Находясь в госпитале, попал под бомбовый удар гитлеровских самолётов, в результате получил тяжёлое ранение – полностью потерял зрение, лицо был изувечено.